متحف الأحياء المائية بالأسكندرية من أجمل المشاهد بمنطقة القلعة متحف الأحياء المائية الذي يقع إلى جوارها ويعمل على فترتين صباحية ومسائية نظرًا للإقبال الكبير عليه خاصة من جانب السائحين على الرغم من صغر مساحته وافتقاره إلى التحديث الذي يليق به وقد أنشئ هذا المتحف العام 1930م كجزء من معهد لدراسة الأحياء المائية بالبحار والبحيرات المصرية ويتكون من جزأين الأول به مجموعات كبيرة من الأسماك بمختلف أنواعها في أحواض مغلقة والثاني مفتوح ويحتوي على هياكل محنّطة وحفريات لأحياء مائية وكائنات بحرية بديعة مع شرح وافٍ للمعروضات كافة ومن أبرز المعروضات التي تجذب الانتباه هيكل لسمكة عروس البحر التى ركزت كل الأساطير القديمة على أنها سمكة نصفها العلوي لجسم بشري ولكن نصفها السفلي ذيل سمكة كذلك هناك هيكل عظمي ضخم معلق لحوت صغير السن ولكنه كبير حجمًا فطوله يصل إلى 17 مترًا على الرغم من أن عمر الحوت يقدر بعام وشهرين أي أنه بيبي حوت وموطنه الأصلي بالمحيط الأطلسي فكما هو معروف أن البحر الأبيض المتوسط ليس موطنًا للحيتان ولكن هذا الحوت ضلَّ طريقه ودخل منطقة مضيق جبل طارق إلى أن جنح إلى منطقة رشيد ومن معروضات متحف الأحياء المائية كما يضم المتحف العديد من المجسمات التى تمثل أعماق البحر خاصة البحرين الأبيض المتوسط والأحمر بما فيهما من شعاب مرجانية وكائنات بحرية وأسماك متنوعة إضافة إلى مجموعة من الحفريات البحرية التى ترجع إلى ملايين الأعوام كذلك مجموعة رائعة من الشعاب المرجانية والقواقع والأصداف البحرية النادرة وفي العام 2004 انضم إلى المتحف نموذج محنط لسمكة الشمس النادرة وهى تشبه قرص الشمس ويصل وزنها إلى 1000 كيلو جرام تقريبًا ولأنها تضم في محيطها العديد من الاكتشافات الأثرية المتنوعة بين فرعونية وإغريقية ورومانية وإسلامية فقد عد الأثريون منطقة قلعة قايتباي كنزًا فريدًا إذ وجدوا العديد من التماثيل الغارقة وأجزاء من مسلات فرعونية يرجع تاريخ بعضها إلى ألف عام قبل بناء الفنار وما زال البحث جاريًا عن أجزاء من الفنار القديم المنهار الذي وجد الأثريون بالفعل العديد من أحجاره الضخمة الغارقة التي يصل وزن بعضها إلى 75 طنًا والتي يُرجَّح أنها من أجزاء الفنار التي انهارت خلال الزلزال الذي حطمها.
